Penubuhan kesatuan ini bermula atas inisiatif beberapa pegawai dan kakitangan Ko-Nelayan yang bertugas di Ibu Pejabat Ko-Nelayan di Wisma MUIS pada 21 Februari 2000, melalui mesyuarat penubuhan di Pejabat Juruaudit Ko-Nelayan.

Susulan itu, penubuhan KESKONS dipersetujui dalam Mesyuarat Penubuhan Jawatankuasa Penaja Kesatuan Kakitangan Ko-Nelayan pada 17 Oktober 2000 di Bilik Mesyuarat Ibu Pejabat Ko-Nelayan. Borang permohonan kesatuan dihantar pada 25 Oktober 2000 dan diluluskan oleh Jabatan Hal Ehwal Kesatuan Sekerja Malaysia pada 21 Disember 2000. Pendaftaran rasmi kesatuan disahkan melalui sijil Ko-Nelayan pada 26 Februari 2001, dan pindaan peraturan kesatuan kali terakhir diluluskan oleh Jabatan Hal Ehwal Kesatuan Sekerja Malaysia pada 21 Disember 2017.

i. Mengorganisasikan KESKONS sebagai kesatuan yang progresif dan proaktif serta mampu memperjuangkan kepentingan dan kebajikan kakitangan Ko-Nelayan secara berkesan.

ii. Menjadikan KESKONS sebagai platform bagi warga kerja Ko-Nelayan dalam melindungi kepentingan berkaitan hal ehwal pekerja, selaras dengan dasar kepimpinan berteraskan teladan dan profesionalisme.

iii. Mengatur komunikasi antara pekerja dan majikan bagi memupuk hubungan yang harmoni, meningkatkan kualiti kerja, dan memastikan kesejahteraan warga Ko-Nelayan.

iv. Mengamalkan kepimpinan berdasarkan prinsip permesyuaratan dalam menyelesaikan masalah melalui rundingan/mesyuarat Majlis Bersama Jabatan (MBJ) serta badan organisasi berkaitan.

i. Memperjuangkan hak dan kebajikan pekerja di Korporasi Kemajuan Perikanan dan Nelayan Sabah (Ko-Nelayan) dengan adil dan telus.

ii. Memantapkan KESKONS sebagai organisasi yang cemerlang dan berintegriti dalam meningkatkan kerjasama serta perpaduan di kalangan semua pegawai dan kakitangan, demi mewujudkan suasana kerja yang lebih proaktif dan produktif.